John Carroll Lynch (Boulder, 1º agosto 1963) è un attore e regista statunitense.
Nato in Colorado e cresciuto a Denver, inizia la sua carriera in teatro mentre prosegue gli studi a Washington, presso la scuola privata denominata Università Cattolica d'America. Sposato dal 1997 con l'attrice Brenda Wehle, diventa noto negli Stati Uniti per la sua partecipazione alla situation comedy The Drew Carey Show, lavorandovi dal 1997 al 2004. In campo cinematografico debutta nel 1993 nel film Due irresistibili brontoloni con Jack Lemmon e Walter Matthau. Partecipa inoltre anche alle serie televisiva Carnivàle e Close to Home - Giustizia ad ogni costo.
Nel corso degli anni recita in film come The Fan - Il mito, Vulcano - Los Angeles 1997, Face/Off - Due facce di un assassino e Codice Mercury. Nel 2007 recita nel film di David Fincher Zodiac, dove interpreta Arthur Leigh Allen, primo sospettato di essere il Killer dello Zodiaco. Nel 2014 viene scelto nel cast della quarta stagione della serie televisiva antologica American Horror Story, interpretando Twisty the Clown mentre nella quinta interpreta il serial killer John Wayne Gacy. Nel 2017 debutta alla regia con il film Lucky con protagonista Harry Dean Stanton e sempre nello stesso anno compare nella settima stagione di American Horror Story, reinterpretando il personaggio di Twisty.